Đánh giá ​​về Yakir có nhiều nhận định trái chiều. Là một chỉ huy nội chiến trẻ tuổi, Yakir mặc dù đã sử dụng vũ lực và bạo lực quá mức (súng phun lửa, súng máy) chống lại các thành viên dân sự, đàn áp người Cossack trong nội chiến. Sau đó, trong những năm tập thể hóa nông nghiệp, Yakir bị cáo buộc tiến hành trừng phạt chống lại những người nông dân. Có nhiều ý kiến ​​cho rằng Yakir phải chịu trách nhiệm về nạn đói lớn ở Ukraine giữa năm 1932 và 1933.

Nhưng với tư cách là một nhà cải cách quân sự, Yakir đã dành được những thành tựu đáng chú ý. Ông đã tiến hành công tác cải cách Hồng quân cho đến khi ông mất. Vào ngày 10 tháng 6 năm 1937, chỉ 2 ngày trước khi phán quyết, Yakir đã viết một lá thư cho Nikolay Yezhov, người đứng đầu Bộ Dân ủy Nội vụ, về những ý kiến của ông và những nhiệm vụ quan trọng trong lĩnh vực quân sự. Sau khi ông qua đời, Đại thanh trừng của Stalin đã quét sạch số lượng lớn các sĩ quan phục vụ dưới quyền ông. Nhiều thành tựu của Yakir, bao gồm các cải cách và chuẩn bị cho các hoạt động du kích trong trường hợp xâm lược Ukraine, đã bị vứt bỏ.

Khi Đức xâm chiếm Liên Xô vào tháng 6 năm 1941, Hồng quân không có khả năng thực hiện chiến tranh hiện đại và không chuẩn bị đối mặt với kẻ thù sử dụng nghệ thuật quân sự mà Yakir và các nhà sáng tạo khác của Liên Xô rất quen thuộc. Liên Xô bị thất bại khủng khiếp và tổn thất lớn về con người và lãnh thổ trước khi được khắc phục nhờ các phương pháp và chiến thuật hiện đại. Các học trò của Yakir sống sót sau cuộc đại thanh trừng đã sử dụng những kinh nghiệm mà họ đã đạt được dưới thời Yakir để đóng góp quan trọng vào chiến thắng của Liên Xô đối với Đức. Trong số đó có Tổng Tham mưu Trưởng Hồng Quân Aleksei Antonov, Tư lệnh Mặt Trận Andrei Yeremenko và Ivan Chernyakhovsky, và chỉ huy quân đội Alexander Gorbatov.

Trong thời gian Nikita Khrushchev cầm quyền, Yakir được phục hồi danh dự vào ngày 31 tháng 1 năm 1957.